De contactgestoorde en neurotische advocaat E. Edward Grey (James Spader) is op zoek naar een nieuwe secretaresse. Tijdens zijn zoektocht stuit hij op de zojuist uit een psychiatrische inrichting ontslagen Lee Holloway (Maggie Gyllenhaal). Lee zat in de inrichting wegens automutulatie, oftewel het verwonden van zichzelf. Nu zij weer deel neemt aan het 'gewone' leven hoort daar ook een 'gewone' baan bij. Secretaresses liggen niet voor het oprapen zo blijkt uit het immer opgestelde 'secretaresses gevraagd' bord in Greys tuin en Edward neemt Lee aan. Tussen werkgever en werkneemster ontwikkeld zich langzaam maar zeker een sadomasochistische soms zeer bizarre verhouding.

In 'Secretary' laten zowel Gyllenhaal als Spader zich van hun beste kant zien. De vrouwelijke hoofdrol werd eerder door diverse bekende actrices geweigerd omdat deze te gewaagd zou zijn, maar Maggie Gyllenhaal had weinig moeite met de soms weinig flatterende poses die ze aan moest nemen. Maggie lijkt zich, net als broerlief Jake (Moonlight Mile) overigens, echter opperbest te voelen in de huid van bizarre personages. Voor Spader is het niet de eerste keer dat hij in een seksueel getinte film verschijnt. In 'Sex, Lies & Videotape' en in 'Crash' speelt afwijkend seksueel gedrag een belangrijke rol en Spader maakt zich daar niet zo druk om. 'Secretary' is humoristisch, ondeugend en 'pijnlijk' goed. "