Stewardess Lena (Emma Watson) vliegt met regelmaat naar Chili waar ze een relatie heeft met de Duitse fotograaf Daniel (Daniel Brühl). Daniel is actief in de linkse beweging ter ondersteuning van president Allende en op de dag dat hij het nieuws van de staatsgreep hoort, gaat hij net als zoveel Allende-supporters de straat op om te protesteren. Het leger pakt de bevolking keihard aan en als Daniel dat gedrag fotografeert, worden ze beide gearresteerd. Daniel wordt herkend, afgevoerd naar het beruchte Colonia Dignidad waar hij wordt ondervraagd en gemarteld. Lana wordt kort daarop vrijgelaten en als ze hulp zoekt bij Amnesty International krijgt ze te horen dat Colonia Dignidad, gerund door ene Paul Schäfer (Michael Nyqvist),  officieel een liefdadigheidsinstelling is. Schäfer heerst er onder de naam Pius over een streng religieuze gemeenschap, een sekte waar eenmaal binnen geen ontsnappen meer aan is. Als je er eenmaal binnen treedt, kun je er waarschijnlijk nooit meer uit ontsnappen. Lana neemt dan ook een groot risico door zich vrijwillig bij de sekte aan te sluiten, niet wetende wat er zich achter de hoge hekken van de sekte afspeelt...

Aan het begin van de zeventiger jaren was Chili een baken van politieke stabiliteit en democratie. De verkiezing van socialist Salvador Allende werd door de Verenigde Staten als een bedreiging gezien en in 1973 werd Allende door het leger vermoord en kwam het land in handen van de junta van Pinochet. Het was het begin van een zeer duistere periode voor het land waar de mensenrechten massaal met voeten werden getreden en Colonia geeft een goed beeld van hoe ver de junta bereid was te gaan om volledige controle uit te oefenen. Colonia is  een spannende film met een opgebloeide Watson die haar imago van Hermelien langzaam van zich af aan het schudden is.